方法果汁冷杀菌在两大类中都有物理杀菌和化学杀菌。物理灭菌是利用物理手段，如现场（包括电场、磁场）、高压、电子、光照等一个单一的作用或两种以上的共同作用，在低温或室温下达到灭菌方法的目的。普通物理杀菌技术的脉冲电场杀菌的超高电压，脉冲强光杀菌、高压静电灭菌，半导体光催化杀菌、微波杀菌、辐照杀菌等。
化学杀菌是利用化学试剂使蛋白质凝固的干扰变性，酶的活性，抑制细菌的生长和代谢，或破坏膜结构，破坏其生理功能，实现杀菌。有一种常见的化学杀菌方法，使用过氧化氢、环氧乙烷、次氯酸钠等化学杀菌。
有物理杀菌技术是一种“绿色”杀菌技术，其热稳定性和化学杀菌具有以下特点：（1）杀菌效果高，避免因温度过高而造成营养成分的损失，能够更好地保持果汁的天然香料。（2）避免化学试剂对人体的危害。（3）减少化学试剂对环境的污染。（4）对设备及设备提出更高的要求。
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